세금 질문 드립니다.

세금 관련 질문 드립니다. 현재 개인사업자 내서 부가세 별도로 계산해서 단가를 받고 있는데요. 근래 작게 알바 하나 해주고 돈을 받는데 3.3% 공제 하고 돈을 주더라고요.=ㅂ=; 이럴 경우 개인사업자가 있으면서 별로도 3.3% 사업소득이 발생한 것인데요. 이렇게 처리해도 종합소득세 신고 시 문제가 없을까요?? 고수님들 답변 부탁드립니다.(_ _) 좋은 하루 되십시오.