퇴직금을 안주는데...

안녕하세요? 혼자 고민고민 하다가 혹시 저와 비슷한 경험을 이미 해 보신 분들이 계시면 조언이나 경험담을 좀 구하고자 글을 올립니다. 내용이 좀 기니 이해를 부탁드립니다.
 질문의 요지는
1. '동종업계' 라는게 도대체 나한테 이 상황에 해당이 되는 이야기 인가?
2. 공과 사를 구분 못하는건 인사를 안드린 나 인가 퇴직금 가지고 시간 끄는 사장인가?
3. 도덕적관점, 법률적관점으로 봤을 때에 제가 한 잘못은 무엇인가?
입니다. 꼭 의견 부탁 드립니다 ㅠ.ㅠ

저는 2007년12월26일 A라는 회사에 입사해서 이듬해1월부터 갑사로 출근 하며 프로젝트 말기에 버그 처리 하는 사수 밑에서 잠시 일을 하다가 두달 뒤 B라는 회사로 파견식으로 근무를 하게 되었습니다. A회사 에서는 처음 3개월간 수습 월급을 받았고요.
두달 동안은 JSP와 오라클로 잠시 했었고요, B라는 회사는 전혀 다른 언어를 이용해서 프로그램과 데이터관리를 하는 곳 입니다. (C무관, JAVA무관, sql무관,코볼 포트란 등등 다 무관.)
A회사 정직원으로 B사에 출근 하기를 3년, B사 에서는 비정규직을 2년이상 채용할 수 없기에 저를 정직원으로 채용하고자 하였습니다. 그래서 2011년 7월 부터 B사 정규직원으로 근무를 하고 있습니다.
문제는 이때 부터 인데... A사의 퇴직서를 싸인하러 간 날 (계약서를 쓴 적도 없는데 이런거는 또 만들어 놓고 사인 하라고 하더군요) 내용을 읽어보니 이상한 점이 2008년 5월에 A사에 정직원으로 입사한 것으로 되어 있고, 동종업계로 2년간 이직할 수 없다는 문구가 있어 물어 보았습니다. 대답은 수습기간이었기 때문에 5월에 정규직으로 된거 랍니다. 또한 동종업계는 자기가 허락했기 때문에 B사로 입사가 가능하다는 겁니다.
 저는 A사가 솔루션 업체인지 인력회사 인지 모릅니다. 3년간 B사로 파견근무를 하면서 A사가 어떤 사업을 하는지 아는건 무슨 개발통합 패키지를 팔고 있고 저처럼 인력파견 하는거 말고는 아는 바 없습니다. B사가 인력회사도 아니고 A사의 솔루션을 배운 것도 없으며 두달간 일했던 곳에서 배운 기술을 사용 하지도 않는데 사장은 자기가 키워 놨더니 도망간다는 말을 하며 저보고 나쁜놈 이랍니다. 해준 것도 없고 사람 스타일도 저와 맞지 않아 B사 정규직과 무관하게 A사를 퇴직 하고 싶었던 저였기에 그래 너는 떠들어라 하고 사인 하고 나왔습니다.
 그리고 저는 또 물었습니다. 퇴직금은 어떻게 되는 것인가요? 대답은 니가 지금 얼마나 나쁜짓을 하고 있는데 그런 얘기가 나오냐며 약간의 패널티는 있을거니까 그렇게 알고 있으라고 하고 이야기를 마쳤습니다. (이때 뭐 한두달 늦는 거나 금액을 약간 줄이는 거 겠거니 하고 말았던 거죠 저는...)
 그런데 3개월이 지나도 퇴직금이 안들어 와서 전화를 걸었습니다. 했더니 일단 자기 한테 오라는 겁니다. A사는 대중교통 1시간 거리... 얼굴도 보기 싫고 말도 많은 사장이라 별로 보고 싶지 않아서 꼭 가야 되냐고 되물었죠. 꼭 와야 한답니다. 퇴직금은 서로 이야기 해서 정하는게 아니라 계산 해서 주시는거 아니냐는 말에 대답은 없고 일단 오라고 하십니다. 그래서 한시간을 붙들고 통화를 한 결과 여전히 저에게 안좋은 감정을 가지고 있었고, 나쁜놈이니 도망간 놈이니 하는 말을 또 들었습니다. 예상컨데, 너의 잘못을 시인하고 사과하고 감사를 먼저 한 다음에 이야기 하자. 라는 식으로 들렸습니다.
 눈 딱감고 일단 가 보는게 나을까요? 안좋은 관계가 되면서까지 노동부에 진정서를 내는 것이 좋을까요? (진정서를 내어도 결국 돈 받는데 까지 걸리는 시간 및 고생, 돈이 그게그거인 경우가 많다고 들어서...)