3.3% vs 개인사업자 회사입장

안녕하세요.

개인사업자로 계약해서 일하고 있는 개발자 입니다.

이번에 다른프로젝트로 옮기게 되서 계약협상을 진행하고 있는데요

단가 협의가 끝나고 계약서 쓰기 직전인데 개인사업자로 할걸라는 깜빡해서

아차 싶어서 개인사업자 부가세별도로 계약진행 하자고 말했더니

부가세 만큼 저한테 더 줘야해서 손해라고 하더라구요.

이때까지 개인사업자로 일하면서 들어본적 없던말이라 쫌 당황스럽네요

회사입장에서는 월단가 700 이면 3.3%보다 부가세별도 개인사업자(세금계산서 발행)가 더 손해 인가요??